パソコンとiPhoneを同期すると、パソコンのiTunesに取り込んだCDをiPhoneに転送することが出来ます。
このiPhoneの転送はパソコンのデータをiPhoneにコピーするだけなので、パソコンのデータが消えるようなことはありません。
パソコンに取り込んだ音楽にジャケット写真(iTunesなどではアートワークという用語を使用している)や、歌詞などを設定してあればiPhoneにもそれぞれのデータが転送できます。
しかし、iPhoneに取り込んだ後でジャケットや歌詞を設定した場合、次にパソコンとiPhoneを同期しても後で設定したジャケット写真などは反映されません。
ジャケット写真を反映させるためには、一度iPhoneに転送した音楽を削除し、再度同期させる必要があります。
これには、
iTunesの設定で、音楽の同期設定を解除し、iPhoneとiTunesを同期させる。
再度、音楽の同期設定をし、iPhoneとiTunesを同期させる。
という手順が必要になります。
この手順をしても、パソコン自体に音楽は保存されているので、音楽自体は消えることはありません。
また、プレイリストごとなどに同期設定をしていた場合、音楽の同期設定を解除するなどしても、設定したプレイリストなどの情報が消えることはありません。